iBooksの場合、アカウント登録をするのにも、本をストアに並べる事そのものにも費用はかからないのですが、本を出版する為にISBNコードというものを取得しなければなりません。
このISBNコードを手に入れる為にお金がかかります。
（ISBNはこちらで買う事ができます。＊日本での購入はこちらのようです：http://www.isbn-center.jp/）
問題は、一つの本につき、別のISBNが必要なので、本を出版する度にお金がかかるという事です。
ISBNは一つだけ買うと$125もします。この時点で既にApp Storeでアプリを販売するより高いのです。